Fondazione AMGA promuove e finanzia progetti di ricerca di carattere scientifico ed economico, volti a salvaguardare l’ambiente e le risorse idriche ed energetiche e a individuare i modelli più idonei di gestione dei servizi di pubblica utilità. In particolare coordina alcune attività di ricerca e sviluppo da svolgere in sinergia con quelle promosse dal gruppo Iren, al fine di offrire un adeguato livello del servizio e garantire elevati standard qualitativi ai servizi erogati.
La Fondazione ha attivato una serie di collaborazioni con università ed enti di ricerca e svolge attività di networking a livello nazionale e internazionale.
È tra i soci fondatori del Polo di innovazione regionale TICASS (Tecnologie Innovative per il Controllo Ambientale e lo Sviluppo Sostenibile) che riunisce aziende, dipartimenti universitari e centri di ricerca pubblici e privati con il fine di cooperare e partecipare a bandi di ricerca su tematiche di rilevanza ambientale. TICASS è stato selezionato come gestore del Polo EASS (Energia, Ambiente, Sviluppo Sostenibile), polo di ricerca e innovazione della Regione Liguria, cui aderisce Fondazione AMGA.
Fondazione AMGA ha siglato un accordo di collaborazione con Fondazione UTILITATIS, con il fine di condividere i risultati delle ricerche sulla gestione delle risorse idriche condotti dai maggiori centri di ricerca internazionali.
Inoltre, Fondazione AMGA è membro di GISIG, associazione che opera nel campo dei GIS e che raggruppa organizzazioni provenienti da oltre venti paesi europei.